Khu kinh tế đặt ở vùng núi, kinh tế chưa phát triển. Đặc biệt là bên phía Lào, Campuchia là vùng núi dân cư thưa thớt. Khu kinh tế được coi là có tầm nhìn quá xa. Cửa khẩu Bờ Y, ngoài vai trò một cửa khẩu trên quốc lộ 40 sang tỉnh Attapeu của Lào để trao đổi gỗ và lâm sản, thì các hoạt động sản xuất chỉ ở mức èo uột.

Vì thế có những đánh giá khác nhau về hiệu quả khu kinh tế, trong đó coi khu kinh tế tại cửa khẩu quốc tế Bờ Y là "giấc mơ đã tan vỡ" [3][6]. Dẫu rằng thỉnh thoảng có sự hâm lại như coi là "Điểm hẹn lạc quan" [4] thì câu hỏi "Khu nghiên cứu khoa học và công nghệ khoảng 750 ha để làm gì ở nơi heo hút, chỉ có chế biến lâm sản là chính" vẫn lởn vởn đâu đó. Mặt khác khả năng cạnh tranh chức năng "hành lang đông tây" với tuyến Đà Nẵng - Đăk Ôôc - Bolaven xem ra là thấp [7].